完善的机构，有效的管理是初中学校进行心理健康教育的保证，这里提供了当前存在的几种管理模式，并简要分析其利弊。建议要坚持以学生为主体，以学生发展为目标，结合自己学校教育的现状创建并实施既有规范性又有特色的“全方位的学校心理健康管理”模式。目前，学校层面的心理健康教育管理主要有五种模式：
1、教研组模式
将心理教师与政治或其他科目教师的身份合二为一，成为心理兼职或专职教师，由政治组或其他学科组直接管理。这是由于学校缺乏合格的心理健康教育教师，一些人又往往将心理工作与政治工作等同起来，于是出现了此类管理模式。也有些学校抽取其他教研组对心理健康教育感兴趣的教师从事此方面的工作，因此称为教研组管理模式。但是这种管理模式对学校心理健康教育工作的开展不一定有利。
2、教育科研室模式
心理教师为教科研室的成员之一，侧重于心育科研工作，它将心育工作提到一个较高的层面上，心理教师也摆脱了学科教师的束缚，可以有更多的时间与空间从事心育工作。一方面解决理论应用和实践工作的有效性，另一方面，也可以深化心理健康教育工作的各个领域。但它本身也有弱点：一是容易将德育工作与心育工作混淆，其实心育工作与德育工作在内容、目的、方法、观念上都不同，两者各有各的作用，不能互相替代。二是两者管理方法是不同的，在管理上有难度。三是使心育工作局限在德育的范围内，无法有效地融合在教学等其他范围，降低了心育工作在学校中应有的作用。
3、德育管理模式
将心育工作置于学校学生处或德育处的管理之下。这种管理模式的价值观认为心育工作是德育工作的一部分或是德育工作的补充，心育工作纳人德育管理的范畴之内。此种管理模式使心育工作与德育工作有机地结合在一起，提升了德育工作的实效性，心育本身也得到广大德育工作者的重视和支持。这种管理模式有利于心育课程的正规化，教研组的设置使心育课程具有与其他学科一样的学科地位。但不足之处也同样明显，心育工作是一项囊括课程、教学、德育、活动、辅导、咨询等学校各个方面的大工程，教研组的设置使心育工作开展有所局限，因为教研组的功能仅仅局限在课程与教学方面，在其他方面是没有管理与实施权限的。
4、独立模式
即成立单独的心育教研组，纳人教学管理之下。这种管理体制侧重于心理课程的实施，即认为心育工作的主要途径是课堂教学。
这种管理模式有利于心育课程的正规化，教研组的设置使心育课程具有与其他学科一样的学科地位。但不足之处也同样明显，心育工作是一项囊括课程、教学、德育、活动、辅导、咨询等学校各个方面的大工程，教研组的设置使心育工作开展有所局限，因为教研组的功能仅仅局限在课程与教学方面，在其他方面是没有管理与实施权限的。
5、班主任管理模式
即不设专职心理教师，心理健康教育工作由政教处布置，直接由班主任来完成，实际上班主任成为兼职的心育教师。这种模式有缺点，可能班主任的知识结构使其无法很好完成心育工作；班主任既是管理者又是心育工作者，两种身份无法统一；心育工作与德育工作混在一起等。
以上五种管理模式各有优点，也各有缺点，从推进学校心育工作的角度思考，应该建立第六种管理模式，以弥补以上五种模式的不足。
6、全面融合模式
将心育工作提升到整个学校层面上来考虑，建立与其他处室平行的学校心理健康教育处室，由校长直接管理。
第六种管理模式将心理健康教育工作融合到学校的各个方面，提高了心理健康教育工作在学校中的地位，心育的负责人在校长的领导下，将心理健康教育工作与其他教学、德育、科研、总务、咨询辅导等工作有机地结合起来，符合心理健康教育工作在素质教育中的地位，也有利于学校的发展、学生的全面成长、教师专业化的不断发展。关心学生的心灵成长，为学生一生幸福打下基础，是跨入21世纪的学校心理健康教育的目标，围绕这个目标，学校应该建立适合学校心育工作发展的管理体制，为学校的发展、学生的成长打下牢固的基础。
根据这几种模式，全校从校长到各处室、各年级任课教师和班主任，都要明确心育的重要性，做到把转变思想、观念与学习心育理论结合起来，与心育实际工作结合起来，与总结心育经验结合起来。
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